Vào tháng 1 năm 1941 York gia nhập "Lực lượng D" đặt căn cứ tại vịnh Suda tại đảo Crete để hoạt động tại khu vực Đông Địa Trung Hải. York bị đánh chìm trong vịnh Suda bởi hai chiếc xuồng máy tấn công (MTM) Ý[2] thuộc hải đội MAS vào ngày 26 tháng 3 năm 1941. Sáu xuồng máy tấn công được tung ra từ các tàu khu trục Crispi và Sella đã xâm nhập vào trong bên cảng,[3] nhắm vào ba mục tiêu theo từng cặp: York, tàu chở dầu Pericles và một chiếc khác cùng đang thả neo tại đây. Ba chiếc xuồng máy tấn công gặp trục trặc về cơ khí hoặc con người, do điều kiện nhiệt độ khắc nghiệt, nhưng ba chiếc còn lại đã tấn công các mục tiêu.

Chiếc xuồng máy tấn công do Đại úy Luigi Faggioni điều khiển, mang theo 300 kg (667 lb) chất nổ, đã đâm trúng York phía giữa tàu, làm ngập nước cả hai phòng nồi hơi và một phòng động cơ, khiến nó bị chìm xuống đáy cảng ở vùng nước nông và làm thiệt mạng hai thành viên thủy thủ đoàn. Tàu ngầm Anh HMS Rover được cho tách ra từ Alexandria để đến hỗ trợ cấp điện cho nó, nhưng vào ngày 24 tháng 4 chiếc tàu ngầm bị hư hại nặng bởi một cuộc không kích, nên người ta từ bỏ mọi nỗ lực nhằm trục vớt con tàu. York bị phá hủy bởi thuốc nổ vào ngày 22 tháng 5 năm 1941. Một số vũ khí của nó được tháo dỡ để bố trí chung quanh Crete nhằm phòng thủ hòn đảo. Sau chiến tranh, xác tàu đắm của York được cho kéo đến Bari và được tháo dỡ vào năm 1952.